コース複製やレッスン複製機能で、アップロードしたレッスン動画を複製した場合、複製したレッスン動画だけをコンテンツ管理で削除することはできますか？

できません。複製元のレッスン動画と複製したレッスン動画は紐付けられていますので、どちらか片方だけ削除することはできません。削除する場合、どちらのレッスン動画も削除されます。