「現在受講中のコース」のコースの並び順を変えることはできますか？

はい、できます。「コース設定」画面にて、ドラッグ＆ドロップで並び替えることで、「現在受講中のコース」「講座一覧（スクールトップ」に表示されるコースの並び順が変わります。